1952年8月起,華羅庚的工資關係轉到中科院,與清華大學脫離了關係。

1954年,中國科學院本作簡稱:中科院)成立,下設數理及化學學部、生物學地學學部、技術科學學部、哲學社會科學學部等4個學部,並在之後評定了包括華羅庚在內的新中國第一批“學部委員”。

1957年後,華羅庚在中科院數學所被邊緣化。

期間,關肇直擔任數學所的副所長,併兼任中國數學會秘書長,成為數學所和數學界的實權人物。

值得一提的是,關肇直長期認為華羅庚有強烈的資產階級個人主義,熱衷於追求個人名利,是中國數學界的大學閥等等。在學術上,關肇直不僅批評華羅庚從事純粹數學研究是理論脫離實際,甚至認為其學術水平停滯不前、知識老化等等。在這一年之後,兩人矛盾公開化,加上本來就對華羅庚有成見的一些人推波助瀾,華羅庚的處境日益困難。

1962年,關肇直在中國科學院數學所內組建了中國第一個控制理論研究室,併兼任室主任。

1963年,在政治上受到嚴重歧視的華羅庚在中科院數學所內申請入黨無望,就想辭去所長職務。最終,院領導讓他繼續當掛名的所長,但同意他把人事關係轉到中科大。

1964年,華羅庚向中科大黨委提出入黨申請,卻再次在中科院數學所黨委面前碰壁,三年後再次申請入黨仍無結果。

196070年代,華羅庚憑個人的聲譽,到各地借調了得力的人員組建“推廣優選法、統籌法小分隊”,親自帶領小分隊到全國各地去推廣“雙法”,所到之處,都掀起了科學實驗與實踐的群眾性活動,取得了很大的經濟效益和社會效益。

期間,有說法稱華羅庚曾建議中科院數學所和中科大的部分中、高階科研人員進行費馬最後猜想的研究,但未見文字證據,且目前未有證據證明關肇直對此是否知情。

1970年,關肇直被停職並檢查交代問題。

1973年9月30日,時年92歲的李石曾病逝。

1974年經院黨的核心領導小組批准,關肇直作出自我檢討後,恢復了所革委會委員等職務。

1978年3月,全國科學大會召開之際,華羅庚出任中科院副院長。

為了解決數學所的矛盾,中科院於1979年決定將數學所一分為三,其中數學研究所、應用數學研究所以華羅庚為首的原應用數學推廣辦公室為基礎組建)由華羅庚擔任所長,系統科學研究所則由關肇直擔任所長。

從既往歷史來看,此時數學所的矛盾實際上是“華羅庚派”和“關肇直派”的矛盾,更是民國時期蔡元培為首的“留英美派”與李石曾為首的“留法派”矛盾的延續。

1979年6月,華羅庚被批准入黨,並在1980年1月27日被《人民日報》公開報道。

1980年1月1日,夏萌改名為“夏希羽”。

同年,國家恢復學部委員制度,有包括關肇直數理學部)在內的283人在這一年被增選為新的學部委員,其中50歲以下的學部委員包括了楊樂在內的共六人。

1980年911月,專攻模糊數學研究且在高中期間對費馬最後猜想產生極大興趣的夏希羽,在一個月的時間裡完成證明後,就在1011月期間獨自在美國《數學年刊》上以三篇背靠背論文的形式,發表了對費馬最後猜想的證明,並在之後的近兩年時間裡陸續獲得了國內外所有主要數學研究機構以及包括志村五郎、卡爾·西格爾、格羅滕迪克等數學家的一致公認,費馬最後猜想被正式更名為“費馬大定理”。

1980年12月,夏希羽創立以模糊數學相關學科研究為主要方向的希羽組研究室。

1981年4月5月,夏希羽赴法訪問兼病假療養。期間,夏希羽因在費馬最後猜想相關的研究中作出了決定性貢獻,先後獲得了巴黎第六大學、巴黎第九大學的榮譽博士學位,並秘密會見了格羅滕迪克。

歸國後,夏希羽在1981年6月正式宣佈由希羽組研究室希羽組研究所成立。希羽組研究所開辦的全部費用除少數外國學者無償捐助之外,大多由夏希羽以個人的稿費、版稅等個人所得承擔。

1982年上半年,以蘇步青為代表的七名數學家共同提名夏希羽參選於當年七月頒發的“國家最高自然科學獎”。

1982年7月,因在“費馬最後猜想研究”中做出了重大貢獻,華羅庚、關肇直在內的六人被授予了國家自然科學獎一等獎。

1982年78月,希羽組研究所多次上訴,未果。

1982年9月1日,經過夏希羽授意,沈涵曦代表五人會議對外通電,內容如下——

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“眾所周知,我們一貫主張在學術交流中探索真理,並解決學術理論上的矛盾。”

“一部分有關單位在斷然拒絕我方多次釋放出的善意時,竟煽動部分職工子女、近親屬與社會閒散人員持械向我所發動大規模的全面進攻。”